Ancora più problematica di quella
precedente, fu la stagione 1947/1948. La vendita di Fenton al Charlton
Athletic per 5.000 sterline (un record per entrambi i club), lasciò un vuoto in
mezzo al campo, mentre il grave infortunio di Brolly privò la difesa del suo
pilastro. In casa, il ruolino di marcia fu esattamente identico a quello
dell'anno precedente: sette vittorie, sette pareggi e sette sconfitte. In
trasferta, invece, le cose andarono male e il Millwall vinse solamente
in due occasioni. Una delle partite in casa venne disputata sul campo del
Crystal Palace, visto che la Football Association aveva disposto la chiusura
del Den a causa della gravi intemperanze dei tifosi. Anche se la stagione si
chiuse con una spettacolare vittoria per 6-2 sul campo del Coventry City, la
retrocessione non poté essere evitata. Millwall e Doncaster finirono appaiati a
29 punti , ma i Leoni scesero in Terza Divisione a causa della peggiore
differenza reti. D'altronde il Millwall fu travolto in più di una occasione,
subendo anche passivi pesantissimi. A metà campionato subì ben 16 gol in tre
incontri, perdendo in successione 6-0, 5-2 e 5-1. L'attacco segnò solamente 44
gol, veramente pochi per quel periodo, e il miglior marcatore della squadra fu
Jimmy Jinks con appena otto centri, uno in meno dell'anno prima. Come spesso
accade nel calcio, la retrocessione porta un cambiamento di manager. La
decisione di rinominare Charlie Hewitt , fu presa con la speranza concreta che
il tecnico sarebbe stato in grado di ripetere le brillanti prestazioni del
passato, dal 1936 allo scoppio della guerra. Ma come tutti i club appena
retrocessi, il Millwall dovette ben presto scoprire le difficoltà e la durezza
della serie inferiore. Le speranze di un'immediata promozione svanirono quasi
subito, nonostante la buona stagione disputata dal Millwall, che si piazzò
all'ottavo posto in classifica, diciassette punti dietro allo Swansea City
campione. Tra i giocatori, si misero in evidenza il solito Brolly, che tornò al
centro della difesa dopo un lungo infortunio, John Short, ex Leeds United, e,
soprattutto, Jimmy Constantine, ex attaccante del Bury, che presto divenne un
idolo del Den. Constantine saltò solamente un incontro, segnando venticinque
gol tra campionato e coppa. Solo in due occasioni i suoi gol non permisero al
Millwall di rimanere imbattuto. Il Millwall, spesso temuto per la sua fama di
giant-killer, non fece molta strada in F.A. Cup. Dopo aver eliminato i
dilettanti del Tooting in un match tiratissimo, venne eliminato già al secondo
turno, perdendo 3-2 contro il Crewe Alexandra.